活水清洗法
打開自己家裡的水龍頭（用淨水器的效果更好），將水晶放入小盤子內，沖洗自己的水晶約3~5分鐘，沖洗後一樣的放在陽光或陰涼處使其自然風乾。
晶洞、晶簇淨化法
把水晶放於天然水晶簇上或水晶洞內，就可以達到相當棒的淨化效果。 水晶在經過一整天的佩帶之後，回家時就將他收納在晶洞內或晶簇上，其晶洞或晶簇所散發出來的振動能量（持續且穩定），可以有效的清除水晶內的負性能量。
日光照射法
把水晶放置於陽光下曬數小時，讓大自然最強大的力量幫您的水晶淨化。但此方法不適用於紫水晶、黃水晶或粉晶等等的有色寶石，因為這些水晶都內含Fe（鐵）、Cu（銅）等其他元素，長時間曝曬會導致氧化或因高溫也易改變水晶內之分子結構而退色。
香薰淨化法
將水晶放於香薰爐旁，點燃香薰精油（記得要用純的精油，不能使用添加化學物質的精油）也可達到淨化效果，此種方法較費時。
廟宇過香法
去拜拜的時候，將水晶帶往廟宇裡淨化，建議是人氣鼎盛的大廟（陽廟）或者知道自己的主神其供奉的廟宇最好。水晶可以在其中感受法力加持，煙香渺渺，並且充滿好的善意及意念，整個空間亦充滿著正面積極向善的磁場。其方法是在拜拜的同時，將水晶跟香同拿於手中，說出自己的祈福願望，並且記得說出讓自己手上的水晶可以得到神明的加持及庇祐，在拜完之後，在神明的香爐上面，左三圈，右三圈，然後雙掌合併將水晶至於掌中，誠心的感謝神明的保護及加持，整個淨化的過程就算完畢了。此種方法同樣適用於家裡所祭拜的神明，也有同樣的效果喔